Aono Tsukune, seorang laki-laki berumur 15 tahun. Tepat di musim panas tahun ini, Aono mendapatkan kesialan yang cukup menyedihkan. Ia dinyatakan tak lulus dari SMP dan harus mengulang setahun lagi. Namun, ketika Aono pulang kerumah, ia mendapatkan surat undangan untuk masuk ke sebuah SMA. Karena undangan ini, Aono diharuskan meninggalkan rumahnya dan pergi ke sebuah desa di mana Akademi Youkai berada. Rumor menyebut, Akademi Youkai adalah sekolah yang sangat menyeramkan. Dan benar saja, sekolah ini berada jauh dari dunia asal Aono. Di perjalanan menuju sekolah, Aono secara tak sengaja bertemu dengan seorang gadis cantik berambut pink bernama Moka Akashiya. Pertemuannya dengan Moka mengubah kehidupan Aono.